在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
小野大辅 上田丽奈 石田彰 中村悠一 铃木绘理 齐藤贵美子 松冈祯丞 鸟海浩辅 山下大辉 能登麻美子 土师孝也 本田贵子 夏川椎菜 奥谷枫 大原沙耶香 梶裕贵 小松未可子 深见梨加 渡边明乃 青山穰 石上静香 相马康一 樱井浩美 手冢宏通 日冈夏美 Lynn 木岛隆一 石冢运升
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